Μεθοδολογία γενικά
Η υλοποίηση του προγράμματος αποτελείται από δύο στάδια: αυτό της επιτόπιας έρευνας στα μνημεία, για τη συγκέντρωση των σχετικών πληροφοριών και τη φωτογραφική ή/και σχεδιαστική αποτύπωση των αγγείων, και αυτό της επεξεργασίας των στοιχείων που συλλέχθηκαν και της καταγραφής τους στα ειδικά πεδία της βάσης δεδομένων. Καθώς ένας βασικός στόχος ήταν ο εξαντλητικός εντοπισμός των μνημείων της κάθε περιοχής που διακρίνονται για αυτήν τη μορφή διακόσμησης, το πρώτο στάδιο του προγράμματος συνίστατο στην επισήμανση, μέσα από την αποδελτίωση της σχετικής με την κάθε περιοχή βιβλιογραφίας, των σχετικών αναφορών σε ναούς όπου διασώζονται εντοιχισμένα αγγεία ή απλώς οι υποδοχές τους. Ο πρώτος κατάλογος που καταρτίστηκε με αυτόν τον τρόπο συμπληρώθηκε -στις περισσότερες των περιπτώσεων με πολλά περισσότερα μνημεία- από την έρευνα των συναδέλφων αρχαιολόγων των αρμόδιων Εφορειών στα φωτογραφικά αρχεία των τελευταίων. Στην αύξηση του αριθμού των ναών συνέβαλαν σε αρκετές περιπτώσεις οι εργασίες αποκατάστασής τους από τις Εφορείες Αρχαιοτήτων, καθώς με την αφαίρεση των ασβεστοεπιχρισμάτων των τοίχων τους αποκαλύφθηκε η ύπαρξη εντοιχισμένων αγγείων ή άδειων υποδοχών, τα οποία δεν διακρίνονταν καθόλου κατά την προγενέστερη κατάσταση των μνημείων. Χαρακτηριστικά παραδείγματα είναι τα αγγεία που αποκαλύφθηκαν στο Καθολικό της Μονής Χαλέπας και στην γειτονική Αγία Μαρίνα, στο καθολικό της Μονής Ασωμάτων, στον Άγιο Νικόλαο στους Αποστόλους, στον ομώνυμο ναό τους Λαμπιώτες (νομός Ρεθύμνου). Επίσης σε άλλες περιπτώσεις, όπως στους Αγίους Αποστόλους στο Πετροχώρι ή στην Κοίμηση της Θεοτόκου στον Αΐμονα (νομός Ρεθύμνου), πριν τις ανάλογες ενέργειες καθαρισμού των ναών τα αγγεία ήταν πλήρως επασβεστωμένα. Σε αρκετές περιπτώσεις ο οριστικός κατάλογος με τα μνημεία της κάθε περιοχής προέκυψε μετά και από τις επιτόπιες έρευνες που πραγματοποιήθηκαν στους ναούς από την υπεύθυνη του έργου σε συνεργασία με τους συναδέλφους των Εφορειών, καθώς στη διάρκεια των ερευνών συχνά εντοπίζονταν και επιπλέον μνημεία που αποτελούσαν παραδείγματα αυτής της πρακτικής. Χαρακτηριστική είναι η περίπτωση της περιοχής του νομού Ρεθύμνου, καθώς από τους αρχικά μόλις 15 επισημασμένους ναούς, τελικά εντοπίστηκαν πλέον των 70 ναοί με εντοιχισμένα αγγεία στις εξωτερικές πλευρές.
Κατά τη διάρκεια της κάθε επιτόπιας έρευνας έγινε προσπάθεια για την όσο το δυνατόν πιο αναλυτική τεκμηρίωση των αγγείων. Εκτός από τη λεπτομερή φωτογράφισή τους με ψηφιακή, φωτογραφική μηχανή υψηλής ανάλυσης και μεγάλης δυνατότητας μεγέθυνσης, σημειώθηκε η διάμετρος των αγγείων ή των άδειων υποδοχών. Σε μερικές περιπτώσεις κατέστη δυνατή η σχεδιαστική αποτύπωση του προφίλ τους, χωρίς φυσικά στοιχεία για το πάχος των μερών του αγγείου, δεδομένης της μη δυνατότητας απομάκρυνσής του από την τοιχοποιία. Σε επιλεγμένες περιπτώσεις έγιναν σχηματικές αποτυπώσεις των όψεων των ναών, πάντα υπό κλίμακα, προκειμένου να αναδειχθεί καλύτερα η θέση των εντοιχισμένων αγγείων στο σύνολο της όψης του μνημείου, να γίνουν πιο σαφείς οι ποικίλοι τρόποι διατάξεων των αγγείων και η σχέση τους με άλλες μορφές διακόσμησης.
Το δεύτερο στάδιο συνίστατο στην επιλογή των καλύτερων φωτογραφιών, προκειμένου αυτές να τροφοδοτήσουν τη βάση δεδομένων, και στην αναλυτική τεκμηρίωση στη βάση δεδομένων των μνημείων και των αγγείων της κάθε περιοχής. Στις περισσότερες των περιπτώσεων η περιγραφή των αγγείων και η παράθεση συγκρίσιμων αντικειμένων έγινε από την υπεύθυνη συντονισμού του προγράμματος, ενώ σε συγκεκριμένες περιπτώσεις η τεκμηρίωση των αγγείων έγινε από τους συναδέλφους των Εφορειών, σε συνεργασία με τη συντονίστρια. Η αναλυτική τεκμηρίωση των αντίστοιχων μνημείων έγινε εξολοκλήρου από τους συνεργαζόμενους στο πρόγραμμα αρχαιολόγους των αρμόδιων Εφορειών. Έγινε προσπάθεια για την όσο το δυνατόν πιο εξαντλητική παράθεση της σχετιζόμενης με τα μνημεία ή τα αγγεία βιβλιογραφίας, ώστε ο χρήστης να μπορεί να ανατρέξει σε αυτή.